La iglesia tiene dos naves y detrás del altar mayor se puede admirar un lienzo del siglo XVII que representa a la Virgen de Loreto. En la nave menor hay pequeñas hornacinas con estatuas del siglo XVII que representan la Asunción, la Coronación de la Virgen y Santa Rosa. También en la nave menor hay un altar dedicado a Santa Ana, y allí se conservan las reliquias de San Pío mártir, extraídas de las catacumbas de Priscila y donadas a Pietrelcina por los señores feudales Carafa en 1801. En Pietrelcina hay y fue Ya existe una fuerte devoción hacia este santo y por ello este nombre fue elegido por Francesco Forgione para su vida religiosa.
A la izquierda, entrando a la iglesia, hay un fresco que representa el Bautismo de Cristo. También hay una pila bautismal de piedra con un tabernáculo de madera. Es aquí donde el 26 de mayo de 1887 Francisco fue bautizado por Don Nicolantonio Orlando. Aquí el Padre Pío hizo su Primera Comunión y el 27 de septiembre de 1899, a la edad de doce años, recibió el sacramento de la confirmación de manos del secretario del arzobispo de Benevento, monseñor Donato Maria Dell'Olio.
Esta pequeña iglesia fue testigo de sus experiencias místicas: las apariciones de María y del Ángel de la Guarda, sus momentos privados con el Santísimo Sacramento, al que abrió su corazón con las más íntimas confidencias y experimentando con expresiones de amor. En sus cartas podemos leer cuánta ternura tenía en su alma por Jesús: «Los latidos de mi corazón son tan fuertes cuando me encuentro frente al Santo Sagrario que a veces siento como si el corazón se me saliera del pecho. En el altar a veces siento tal destello en todo mi cuerpo que no puedo describirlo y, sobre todo, mi cara parece arder".