La Iglesia de Santa Maria degli Angeli, hoy Iglesia Madre de Pietrelcina, se encuentra cerca de la Piazza Santissima Annunziata.
Aquí se venera a la Madonna della Libera, a la que el Padre Pío llamaba cariñosamente "Nuestra pequeña Virgen".
Aquí fue ordenado diácono en 1909 y administró su primer bautismo a un niño que algún día se convertiría en sacerdote redentorista.
En vísperas de la Asunción, el 14 de agosto de 1910, cuatro días después de ser ordenado sacerdote, el Padre Pío celebró su primera Misa. Algunos días después escribió al padre Benedetto de San Marcos en Lamis diciéndole: «Durante algunos días estuve un poco enfermo. Quizás la causa principal de esto fue la fuerte emoción a la que estaba sometido mi espíritu en aquel momento. Mi corazón rebosa de alegría y me siento mucho más fuerte ahora y puedo afrontar cualquier aflicción que se me presente si agrada a Jesús”.
En esta iglesia el Padre Pío pasó interminables momentos de oración e intimidad con Dios, de éxtasis al pie del altar experimentando ese fenómeno místico de la fusión de los corazones, que describió en sus cartas: «El corazón de Jesús y el mío me permiten usar esta expresión. Éramos dos corazones latiendo al unísono. Mi corazón ha desaparecido, como una gota de agua que se desvanece en el mar." Y de nuevo: «Siento que me quemo sin fuego. Un millón de llamas me consumen. Siento que me estoy muriendo todo el tiempo aunque todavía estoy vivo".
El Padre Pío celebró en esta iglesia Misas "demasiado largas" e "incomprensiblemente misteriosas", hasta el punto de que el Padre Guardián encargó al párroco que subrayara este aspecto al Fraile para que, estando sujeto al voto de santa obediencia, pudiera cumplir prontamente.